本学院は自由メソヂスト教会の伝統を汲む河邊貞吉により、明治38（1905）年にキリスト教伝道者を養成する神学校として創設された。第二次世界大戦で焼失した校舎は昭和27（1952）年、北米フリーメソジストの援助により再建され、教育は100年にわたって聖書的人間観に基づく人格教育をおこなってきた。学院第二世紀においても『道・真理・いのち』であるイエス・キリストに倣って、神と人に仕える人間の育成を目指す。