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在第二次世界大战后，日本教育制度改革为“男女同校”。于是1945年12月内阁会议通过了《女子教育刷新纲要》，开始创设女子大学、其他大学也开始实行男女混合授课制，中等教育也开始实行男女授课内容平等化。
1947年日本文部省发布的《新学校制度实施准备指南》和《新制高等学校实施指南》中表示，在遵循男女教育机会均等这一根本原则的基础上，尊重地区情况，不一定要实行“男女同校”。所以当时既有合并、废除男女分开的学校；也有继承旧制，依然保持男女分开教学的学校。
目前日本的小学、中学和高中有男女共学校、男子校和女子校三种情况，但是大学、短期大学只有女子大学，没有男子大学。而且，男女分开办学的学校以私立学校居多。不过受90年代日本泡沫经济的影响和现代少子化问题的影响，现在很多男子校或女子校也转型向男女共学。
当然，现在的男子校或女子校在学生授课安排上并没有差异。甚至可能会有男女共学没有的好处，学校会根据性别中天生的不同特点设置有针对性的教学方式。比如说大阪的好文学园女子高中就安排了小笠原礼法教育，培养女孩子的优雅行为；山梨英和高中实行适应女性思维的理科教育，学校的升学率非常好。
